《新世纪福音战士》的结局存在多种解读，以下是几种可能的结局：

明日香昏迷，薰成为2号机驾驶员

在最终的战斗中，明日香因终日抑郁而陷入昏迷状态，一名新少年大坂嘉务代替她成为2号航班的飞行员。

薰是最后一个使徒

真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。在一场战斗中，薰意识到如果人类要繁衍生息，他自己就必须死，便要求真嗣杀了他。真嗣在犹豫之后终于杀了薰。

真嗣的内心幻想

在第24话中，薰死了，最后一个使徒也死了，然后剧情直接进入了碇真嗣的内心。真嗣幻想中自己大圆满了，这个结局被粉丝称为“真嗣补完计划”，但这并不是人类补完计划。

人类补完计划

另一种解读是，真嗣在战斗中意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死，并要求薰杀了他。薰也意识到同样的道理，并要求真嗣杀了他。最终，真嗣杀死了薰，引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。

丽和真嗣共同面对敌人

在另一种结局中，丽和真嗣一起面对敌人，最终丽为保护真嗣而被敌人杀死。

综合来看，《新世纪福音战士》的结局存在多种解读，不同的观众可能会有不同的理解和感受。建议观看剧场版《死与新生》和《真心为你》，以获取更全面的剧情解读。