在《神探夏洛克》第二季第二集的结尾部分，莫里亚蒂的入狱与释放情节如下：

入狱原因

莫里亚蒂被大表哥（亨利·约翰·华生）绑架，华生企图通过他获取关于夏洛克的情报。大表哥利用莫里亚蒂对夏洛克的执念，以释放夏洛克为条件要挟，迫使他配合调查。

释放原因

夏洛克是唯一能让莫里亚蒂开口的人。莫里亚蒂性格孤僻且极度自负，任何其他人或机构都无法迫使他吐露真相。华生意识到这一点后，选择释放莫里亚蒂，利用他与夏洛克的对抗为最终目标。

剧情铺垫

此情节为后续夏洛克揭露莫里亚蒂伪装身份、反转其犯罪计划埋下伏笔。夏洛克通过这一事件进一步揭露了莫里亚蒂的狡诈，并为最终对决做好心理准备。

补充说明

剧中未明确提及莫里亚蒂的具体入狱细节，但通过华生的视角和后续剧情可推测，莫里亚蒂的犯罪行为可能涉及更复杂的背景，而华生的计划本质上是利用莫里亚蒂与夏洛克的矛盾。