《他来了，请闭眼》的大结局是圆满的。在剧情中，女主角简瑶伤愈出院，与男主角薄靳言团聚。虽然剧终时薄靳言露出了一丝诡异的笑容，引发了观众对于他是否还有双重人格以及是否会有第二季的猜测，但这些并未影响他们最终幸福地走到了一起。

具体来说，简瑶在经历了一系列的磨难后，被揭示为鲜花食人魔案件的关键人物。薄靳言为了拯救简瑶，不得不伪装成拥有双重人格的艾伦，以此引出幕后黑手并成功击败了这个罪犯。在这个过程中，简瑶逐渐发现了薄靳言对她的深情，并最终接受了他的求婚。

因此，尽管剧终时存在一些悬念，但整体而言，《他来了，请闭眼》传递了一个积极、圆满的信息，即爱情的力量能够战胜一切困难，让有情人终成眷属。