在《皮皮鲁和罐头小人》的故事中，罐头小人的少校经历了多次危机和手术，但最终都得到了救治和康复。以下是少校的最终命运：

被老鼠咬断腿：

少校被一只老鼠咬断了腿，被送到医院后，由于血型稀有，校长献血救了少校。

手术成功：

经过紧张的抢救，少校的手术非常成功，脱离了危险。

康复并返回学校：

八个月后，少校的伤彻底痊愈，鲁西西带罐头小人们去学校，大家都很惊讶。

成为北约总司令的特别顾问：

少校后来成为北约总司令的特别顾问，并在一家军事学院学习，辗转至北约总部布鲁塞尔。

因此，皮皮鲁和罐头小人的少校最终不仅康复了，还在军事上取得了很高的成就，成为了北约总司令的特别顾问。