关于清朝同治皇帝的死因，存在多种说法，但至今没有确凿的证据来确定具体死因。以下是几种主要观点：

天花：

清朝官方史书及相关档案记载，同治皇帝死于天花。在清代档案中发现的《万岁爷进药用药底簿》详细记录了同治皇帝生病后的脉案、诊断及用药情况。翁同龢的日记中也明确记载同治皇帝死于天花。

梅毒：

民间传言认为同治皇帝死于梅毒。同治帝婚后生活不如意，慈禧太后不喜欢皇后阿鲁特氏，限制同治皇帝去皇后处。同时，同治皇帝养尊处优、恣意妄为，经常出入花街柳巷。据说载澄就因沾染性病导致失去生育能力且早亡。当同治皇帝发病时，起初症状为淋巴结肿大和下体红肿，这与天花症状不符，且根据野史记载，同治皇帝在得知病因后碍于面子未节制行为，导致病症加重，最终病情恶化，全身溃烂而死。

疥疮：

也有说法认为同治皇帝死于疥疮。

被慈禧太后害死：

另有谣言认为同治皇帝是被慈禧太后害死的，但这一说法缺乏确凿证据。

综合以上信息，虽然天花和梅毒两种说法都有一定的依据和可能性，但目前没有确凿的现代医学检验证据来定论同治皇帝的真正死因。因此，同治皇帝的死因仍然是一个历史悬案。