《太子妃升职记》的结局存在两个不同的版本：

第一个结局

皇上和皇后隐居之后被刺客乱刀杀死。

齐晟带着张芃芃来到一个景色优美的小屋，说不回皇宫了，自己不再是皇帝，张芃芃也不再是皇后，而是他的妻子。从此二人隐居起来，张芃芃遇刺身亡，临死前告诉齐晟要活下去，齐晟伤心不已。众多刺客包围了齐晟，将他用乱刀杀死。飘落的花瓣掩埋了这对有情人的尸体。

第二个结局

皇帝假死，传位给太子，和皇后一起过上了平凡人的生活。

张芃芃和齐晟最终相爱，并且四处旅行，狂秀恩爱。张芃芃成功当上太后，之后齐晟就换了个身份陪着女主去游山玩水。绿篱和赵王在一起了也生了不少娃，楚王（就是九王）最后因为谋反失败被贬为庶民流放了，杨严因为帮助楚王也被流放边疆了。

此外，还有一些细节和变体：

有版本中，张芃芃在与齐晟共度浪漫时光时突遭黑衣人袭击，两人相拥在花海中死去。随后，张芃芃穿越回现代，变回张鹏躺在医院里；张鹏从医院逃离，再次跳进游泳池，穿越回古代，寻找张芃芃的记忆，齐晟与张芃芃在一起的画面一幕幕重放。

另一个版本中，张鹏在医院中醒来，面对和齐晟长得一模一样的医生，两人四目相对无言。

还有一个版本中，张芃芃最终成为了太后，而齐盛却装死让浩儿当上了皇帝。齐盛最后变成了张芃芃的男宠，说是男宠，其实只是两个人以另一种方式生活。

这些不同的结局和变体引发了观众的激烈讨论，有人表示“看不懂、太烧脑、想和导演谈谈人生”。