毕业生学费补偿的申请通常需要在 毕业后三年内进行。具体办理时间可能因地区和学校而有所不同，但一般应在毕业当年开始计算，并持续三年。在这三年内，学生需每年完成规定的基层服务期限，服务期满后方可申请补偿。若学生未能在规定时间内完成服务，或服务期间出现违法违纪行为，将无法享受学费补偿。

建议毕业生在毕业前详细了解所在地区和学校的具体规定，确保在规定的时限内完成申请。