林宛瑜在《爱情公寓3》中离开的原因主要有以下几点：

身体原因：

有观众认为林宛瑜的身体状况不佳，从开机发布会和剧中的表现来看，她显得苍白瘦弱，可能患有某种疾病。此外，也有猜测认为她可能因为胃病等健康问题而选择离开。

个人追求：

林宛瑜在剧中表现出了对自由和事业的渴望。她曾说过，她希望给自己一些时间，去经历不同的事情，真正地成长和独立。因此，她决定离开公寓和恋人，前往米兰追求自己的梦想。

剧情需要：

也有观点认为，林宛瑜的离开可能是剧情发展的需要。她前往米兰学习时装设计，这既符合剧情背景，也能为观众带来新的故事线索。

综合以上几点，可以得出结论：林宛瑜离开《爱情公寓3》的原因主要是为了追求自由和事业，同时可能也受到身体原因的影响。她的离开为剧情增添了更多的戏剧性和深度，也让观众对她的人生选择有了更深的理解和感慨。