在DOTA 6.78版本中，后期能力最强的英雄有以下几位：

美杜莎：

美杜莎以其极高的生存能力和强大的输出能力著称，她的魔法盾可以吸收大量伤害，使得她在阵地战或高地防守时能够有效保护队友并进行输出。尽管她起手较慢，但一旦装备成型，她就能成为团队的核心。

幻影刺客：

幻影刺客在6.78版本中得到了加强，其闪避几率的增加使得他在战场上的追杀能力大幅提升。配合吸血和战鼓，幻影刺客在团战中能够持续输出大量伤害，成为敌方后排的噩梦。

幽鬼：

幽鬼依赖于装备，在后期拥有强大的输出能力和团战影响力。他的技能组合使得他在团战中能够迅速切入战场并造成大量伤害，同时具备一定的生存能力。

虚空假面：

虚空假面在前期较为弱势，但一旦装备起来，他的后期能力非常强大。他拥有极高的伤害输出和无解控制技能，能够在团战中发挥关键作用。特别是他的大招，能够在关键时刻扭转战局。

敌法师：

敌法师以其出色的魔法抗性和吸收魔法伤害的能力，在后期非常吃香。他的闪烁技能可以保护他在对抗中的生存，而他在团战中也能造成惊人的伤害。

蛇发女妖：

蛇发女妖以其强大的剑术和魔法盾牌，在战斗中表现出色。她的技能组合使得她在团战中能够有效抵抗敌人攻击并进行输出。

骷髅王：

骷髅王在6.78版本中得到了加强，其致死打击技能可以暂时吸收对手的生命值，使得他在团战中具备更高的生存能力和输出能力。

综合来看，美杜莎、幻影刺客、幽鬼、虚空假面、敌法师和蛇发女妖都是DOTA 6.78版本中后期能力极强的英雄。具体选择哪位英雄还需根据团队策略和对手阵容来决定。