至尊宝脚底的三颗痣在《大话西游》中具有深刻的象征意义。综合多个来源的信息，可以得出以下解释：

怨憎会：

三颗痣代表了人生中的怨憎会，即人与人之间的怨恨和憎恶。

爱别离：

三颗痣也象征着爱别离，即所爱之人的离去和无法团聚。

求不得：

三颗痣还意味着求不得的爱恨纠葛，表达了对于爱情的无奈和无法实现的渴望。

从紫霞仙子的角度来看，她给至尊宝留下三颗痣，是希望他能经历从怨憎会到爱别离，再到求不得的完整过程，从而更好地理解人生的真谛和爱情的复杂。

因此，至尊宝脚底的三颗痣不仅是一个物理上的标记，更是对人生情感经历的一种象征和隐喻。