在《使徒行者》中，卓sir知道林希薇变节的原因主要有以下几点：

情感线索：

林希薇在剧情中爱上了庞言廷，并且为了他与丁小嘉的养母们发生了冲突，甚至杀害了她们。这种情感上的转变和冲突引起了卓sir的怀疑。

行为异常：

林希薇在变节后的行为变得异常，比如在得知庞言廷受伤后，她并没有直接去医院，而是选择去庞言廷的病房，这一行为与之前的卧底身份不符，引起了卓sir的警觉。

设局试探：

卓sir设了一个局来试探林希薇，但林希薇最终逃脱了。这一事件进一步加深了卓sir对她变节的怀疑。

综上所述，卓sir通过林希薇的情感变化、异常行为以及设局试探，发现了她的变节。