秀智最后并没有知道迷你特工队的身份。

在动画片《迷你特工队》中，外表美丽可爱的安秀智（金荷娜 饰）竟是一名有着六年工作经验的资深情报人员。鉴于职业的敏感性，连她的男朋友李在俊（姜志焕 饰）也不知道女友的真实身份，也因此两人误会丛生。即使在俊即将前往俄罗斯留学之际，秀智依旧为抓捕罪犯无暇他顾，两人的恋情就此定格。

因此，可以得出结论，秀智最后并没有知道迷你特工队的身份。