在电视剧《克拉恋人》中，米朵最终选择和雷奕明在一起的原因主要有以下几点：

订婚礼上的意外：

在萧亮和米朵的订婚礼上发生了意外，导致萧亮对米朵的态度发生了转变，不再喜欢她。而米朵在这段时间里逐渐发现自己真正喜欢的是雷奕明。

米朵的自我认知：

米朵在经历了一系列的波折和磨难后，逐渐意识到自己真正爱的人是雷奕明。她明白，虽然萧亮曾经对她很好，但两人之间的性格和观念差异让他们无法长久相处。

雷奕明的坚定与守护：

雷奕明一直默默地守护着米朵，他的真挚和坚定最终打动了米朵的心。在剧中，雷奕明曾故意整蛊米朵，说自己已经有女朋友了，但最后却拿出了戒指向米朵求婚，最终两人幸福地拥抱在一起。

剧情需要：

片方选择雷奕明作为结局，是为了表现“做梦总要醒来”的主题。制片人刘阳表示，雷奕明是现实生活中能找到的人物，而萧亮则是观众心中虚拟的完美男神。

综上所述，米朵选择和雷奕明在一起，是因为她在经历了一系列的波折后，逐渐认识到自己真正爱的人是雷奕明，而雷奕明的坚定与守护也最终打动了她的心。