飞机在大气层中的飞行顺序主要涉及 对流层和 平流层。以下是详细说明：

对流层

对流层是地球表面最低的大气层，高度从海平面起至约12公里。

对流层的特点是空气温度随高度增加而降低，气压也随高度增加而降低。

对流层中空气比较稠密，适合飞行器在其内部运行，但气象现象如云、雨、风等也主要发生在这个层次。

民航客机通常在对流层上端飞行，高度大约在7000-12000米之间，而有些战斗机可以飞到更高的高度，如30000米。

平流层

平流层位于对流层之上，直到高于海平面50公里左右。

平流层中的空气主要表现为水平方向运动，基本不含水汽，晴朗无云，非常适合飞机航行。

由于平流层中空气稀薄，飞机可以更加省油，减少燃料消耗，并且飞行更加平稳。

民航客机通常在平流层中飞行，高度大约在10000-12000米之间。一些军用飞机和特殊设计的飞机（如图-95轰炸机）也能够在平流层中活动。

综上所述，飞机在大气层中的飞行顺序主要是 对流层和 平流层。对流层是飞机起飞和降落的主要区域，而平流层则提供更为平稳和高效的飞行环境。军用飞机由于其特殊设计，有时也能在平流层中飞行。