《凤图腾》的大结局中，段飞鸿在造反失败后，选择投降，并没有被处死。皇上为了成全段飞鸿和风燕、彩蝶，私下里放走了他们三人。风燕和彩蝶在经历了生死考验后，解开了心结，并在船上达成了共识，决定一起去寻找一个小岛，过上平静的生活。然而，风燕因为无法释怀过去，最终选择回到了皇上的身边，并成为了皇后。彩蝶和段飞鸿也最终走到了一起，过上了神仙眷侣般的生活。

此外，太后在故事中为皇上挡刀牺牲，风燕在生下皇子后，因太后遗愿，三年后她被册封为皇后。这个结局充满了爱与牺牲，展现了人物之间复杂的情感纠葛和成长。