第11季《跑男》第三期baby不在的原因存在多种说法，以下是相关信息的整理：

怀孕：

有消息称，由于怀孕，Angelababy缺席了一季的录制，被迪丽热巴顶替，从而开启了“双女主”模式。

行程冲突：

也有观点认为，Angelababy缺席跑男录制是因为目前的行程与跑男的档期有冲突，她后边会继续参加录制。

舆论压力：

有知情人透露，Angelababy缺席跑男录制可能与之前的疯马秀事件有关，虽然她在一档节目中还是有镜头的，但被剪得没剩几个，缺席跑男也并不是真的因为行程冲突，而是节目组在观望大众的态度。

节目调整：

有博主爆料称，原本有Angelababy参与的综艺节目《现在就出发》在某一期中并未宣传她，但粉丝们解释称这是因为该节目的宣传策略并不是每期都会有嘉宾的介绍。

综合以上信息，可以推测Angelababy缺席第11季《跑男》第三期的主要原因可能是怀孕和行程冲突，同时舆论压力和节目调整也可能是影响因素。具体原因可能需要进一步确认，但可以肯定的是，她的缺席引发了广大网友的关注和猜测。