凤凰传奇两人没能在一起的原因是多方面的，主要包括以下几点：

性格不合：

有观点认为两人性格上不合适，可能因为彼此太熟悉了，所以一直都是朋友，更像是亲人一样，没有产生心碎的感觉，因此没有走进婚姻的殿堂。

金钱观念差异：

玲花曾在节目里多次吐槽曾毅“小气”、“抠门”，例如因为看世界杯比赛熬夜，导致第二天演出迟到，曾毅直接罚了她五百块。这件事玲花一直记在心里，认为曾毅太“斤斤计较”。

生活习性和观念不同：

玲花出生于内蒙古，生性比较豪爽且慷慨，而曾毅出身普通工人家庭，从小生活节俭。两人在生活习性、思想观念和饮食习惯上都有较大的差异。

事业优先：

凤凰传奇组合十来年的时候，将大部分精力放在事业上，没有时间关注彼此的内心，等到他们事业稳定之后，身边又有了另一半，所以两人之间一直隔着一堵墙，难以跨越。

缺乏爱情：

玲花表示，两人之间没有任何炒作，三观也很正，但可能是因为他们之间的高度信任和友情，而不是爱情，所以没有走到一起。

现实因素：

有观点认为，两人之间没有爱情，更多的是把自己的作品带给大家，他们一直坚守着这个信念，这也是他们能够一直合作的重要原因。

综上所述，凤凰传奇两人没能在一起的原因主要是性格不合、金钱观念差异、生活习性和观念不同、事业优先以及缺乏爱情等多方面的因素共同作用的结果。