南京南进站口和北进站口的主要区别如下：

地理位置不同

南进站口位于南京南站南广场的南侧。

北进站口位于南京南站北广场的北侧。

交通设施不同

南进站口没有公路客运站。

北进站口设有公路客运站。

出行方向不同

南进站口通常用于前往南方或者西南方向的列车。

北进站口主要用于前往北方或者东北方向的列车。

车站布局不同

南进站口周围可能会有更多的南方或者西南方向的出口和交通工具接驳设施。

北进站口周围则可能会有更多的北方或者东北方向的出口和接驳设施。

运营线路不同

南进站口主要负责南京南站的高铁动车组列车的出发和到达。

北进站口主要负责城际列车和地铁的进出站，以及一些长途客车的发车和到达。

人流量和服务设施不同

北进站口较为繁忙，人流量大，主要服务于前往市区的乘客，同时也是换乘地铁的重要地点。

南进站口的客流量相对较小，主要服务于前往周边城市及郊区的乘客。

检票口位置不同

检票口1~14靠近北进站口，从铁路出发（北）进站更近。

检票口15~28靠近南进站口，从铁路出发（南）进站更近。

平台情况不同

北平台可能更容易车多缓行，建议前往南平台。

综上所述，南京南进站口和北进站口在地理位置、交通设施、出行方向、车站布局、运营线路、人流量和服务设施以及检票口位置等方面都有明显的区别。乘客可以根据自己的出行需求和方向选择合适的进站口。