专科院校转为本科院校后，其毕业生所发放的毕业证书类型主要取决于学生入学时的身份以及是否参加了专升本考试。

专升本学生

如果学生是通过专升本考试进入本科学习的，那么他们入学后按照本科院校学生学籍进行管理，毕业后会获得本科毕业证书。毕业证书上会注明“在我校XX专业专科起点本科学习”，并且学习起止时间会按照升入本科的实际时间填写。

未参加专升本的学生

对于那些在专科学校升级前就已经入学，并且没有参加专升本考试的学生，他们仍然是专科学历。即使学校从专科升级为本科，这些学生毕业时发放的仍然是专科毕业证书。

学校名称变更

如果学校在升级过程中更改了名称，那么毕业证书上的学校名称也会随之变更，但不会影响学生的学历层次。

综上所述，专科院校转为本科院校后，其毕业生的毕业证书类型主要取决于他们入学时的身份和是否参加了专升本考试。未参加专升本的学生毕业时发放专科毕业证书，而参加专升本的学生则发放本科毕业证书。