《银杏色的初恋》的结尾充满了现实的无奈。博士依靠柯南的灵机一动解开了女同学给的暗号，谜底原来是当年小女孩对阿笠心动并默默相许的地方——学校的银杏林下。然而，两个人互道寒暄都没有，只是哑谜一般地感慨了自己喜欢银杏和这里的风景。时隔四十年，阿笠博士认为当年脸带雀斑、大大眼睛的小姑娘如今已经成为人妻；而芙纱绘则认为当年憨憨的阿笠则成为一个“儿孙满堂”的半百老人。

这个结局突显了现实生活中的变迁和无奈，即便两人曾经有过美好的回忆和约定，但时间带来的变化却让他们无法回到过去。