《名侦探柯南》的主线剧情从第1集“云霄飞车杀人事件”开始，一直持续到最终篇。以下是一些关键的主线剧情集数：

第1集：

云霄飞车杀人事件（黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小）

第2集：

变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所

第5集：

新干线大爆炸事件（柯南终于知道琴酒和伏特加的组织代号）

第135-141集：

雪莉出场（琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀）

第176-178集：

再会琴酒

第241-243集：

人鱼篇

第308-310集：

纽约篇

第332-336集：

板仓卓的日记

第363-366集：

宫野志保的录音带

第371-375集：

满月篇

第459-463集：

黑色的冲击

此外，还有一些与主线相关的重要集数：

第786-787集：茱蒂的追忆与赏花的B/F

第832-836集：绯色的序章 B/F

第865-867集：县警的黑暗

第882-883集：好吃得要死的拉面2

这些集数构成了《名侦探柯南》的主线剧情，讲述了柯南及其阵营与黑暗组织的斗争，以及柯南寻找恢复身份的方法。建议观众按照这些集数顺序观看，以便更好地理解剧情的发展。