《超兽武装第二部》的剧情承接了第一部《超兽武装之仁者无敌》，讲述了超兽战队被冥王打入封印雪皇的元冥黑洞空间，在逆境中大家遇到雪皇，雪皇回忆起了自己的往事，天羽因为她想起自己的意念，所以她才想起超兽战队的伙伴们，所以决定重新回到超兽战队，超兽战队凭借自己的信念加上雪皇的帮助冲出元冥黑洞的故事。

在第二部中，超兽战队被冥王打入封印雪皇的元冥黑洞空间，他们在逆境中遇到雪皇，雪皇回忆起了自己的往事。天羽因为雪皇想起自己的意念，所以她也想起了超兽战队的伙伴们，并决定重新回到超兽战队。超兽战队凭借自己的信念和雪皇的帮助，最终冲出元冥黑洞。

十万年后的今天，冥王将在七天后苏醒，届时七大宇宙又将迎来一场末日浩劫。为了阻止这场浩劫，五位满怀信念的超兽战士义无反顾地踏上剿灭冥王之路。然而，当他们要出手毁灭冥王的一刻，也正是冥王苏醒的一刻。苏醒后的冥王以无人可挡的气势将这五位超兽战士打入封印雪皇的玄冥黑洞空间，黑暗开始吞噬七大宇宙。身陷险境的超兽战士与雪皇相遇，他们凭借坚定的信念冲破封印，再次站在了冥王面前，大战一触即发。

这场惊天地泣鬼神的对决使宇宙产生时空乱流，所有人都被吸入时光隧道中轮回到了十万年前那场波澜壮阔的圣战前夕。越是接近事物的起源，事物越是变得扑朔迷离。当超兽战士们亲身经历了十万年前的那场圣战，他们的信念开始崩溃，因为他们已分不清孰是孰非，分不清正义与邪恶。这是一场信念的对决，他们的敌人就是自己。