卓一航和耿绍南在《白发魔女传》中的后期对决，从武功水平来看， 卓一航的武功更高一等。以下是详细的分析和依据：

霍天都的评估

霍天都被认为是最强者，他不仅恢复了功力，而且对武当派的武功秘籍不再感兴趣，这表明他拥有极高的武功水平。

白发魔女与魏忠贤的对决

白发魔女和魏忠贤实际上是五五开的实力。魏忠贤利用偷学达摩剑法的耿绍南和众官兵消耗白发魔女的功力，最终在山洞中，满血的卓一航和四分之一血槽的白发魔女打赢了半残血的魏忠贤。这表明卓一航在关键时刻的武功表现更为出色。

卓一航与耿绍南的对决

卓一航在助战之前，魏忠贤已经被白发魔女传打掉半管血，因此白发魔女和魏忠贤的实力对比实际上是五五开。在这种情况下，卓一航和满血的白发魔女能够打赢半残血的魏忠贤，进一步证明了卓一航的武功水平非常高。

耿绍南的实力

耿绍南虽然偷学了达摩剑法，并且在剑法上可以与白发魔女五五开过几招，但他在内功上翻车，最终输给了巅峰状态的练霓裳。这表明耿绍南的武功虽然高强，但还不足以与卓一航相提并论。

综上所述，卓一航在武功上明显高于耿绍南，尤其是在关键时刻的表现更为出色。因此，卓一航和耿绍南后期两人最高水平的对决中，卓一航的武功更高一等。