清帝退位后，保留的机构主要包括：

内务府：

负责宫廷事务，包括帝后衣食住行等。

宗人府：

管理皇族事务。

慎刑司：

处理触犯王法者。

侍卫：

负责皇宫安全。

太监：

继续留用，但不得再招阉人。

此外，清帝及其皇室成员仍然可以继续居住在皇宫中，并且国民政府会支付每年400万两白银作为日常开销。

这些机构的保留和优待条件体现了清帝退位后，虽然失去了政治权力，但在生活和经济上仍享有一定的待遇和地位。