电视剧《海上嫁女记》中沈方舟的结局是与何念晴没有在一起的。尽管沈方舟在剧情中遭遇了许多困难和挑战，包括车祸成为植物人，但何念晴一直守候在他身边，希望他能够康复。然而，现实是残酷的，沈方舟最终被诊断为脑死亡，未能醒来。何念晴在沈方舟离世后，虽然心如刀割，但她决定放手，意识到这是真正爱他的方式。

尽管存在一些关于沈方舟和何念晴最终走到一起的传闻，但这些说法并未得到官方确认，且与剧情发展不符。因此，我们可以得出结论，沈方舟和何念晴在电视剧《海上嫁女记》中并未在一起。