《女医明妃传》的结局中，刘诗诗扮演的允贤和霍建华扮演的朱祁镇最终走到了一起。允贤在经历了种种磨难后，选择离开皇宫，到民间行医。而朱祁镇在皇后去世后，将皇位传给了自己的孩子，并去寻找允贤。最终，两人在民间重逢，共同面对未来。

尽管剧中允贤曾对朱祁钰有过感情，但根据剧情发展，她最终选择了与朱祁镇在一起。朱祁钰在剧情中误服毒药，病重身亡，而允贤则继续她的医术，传承医学知识。

因此，可以确定在《女医明妃传》的大结局中，刘诗诗饰演的角色允贤与霍建华饰演的朱祁镇最终走到了一起，过上了平静的生活。