工藤新一在《名侦探柯南》中出现的集数如下（综合多个版本信息整理）：

云霄飞车杀人事件 （第1集）

新一被灌药后化身江户川柯南，这是他首次以柯南身份出现。

外交官杀人事件后篇（第50集）

新一以柯南身份与服部平次等人共同破解案件，首次完全展现推理能力。

飞天密室（第172-173集）

新一回忆起被灌药的往事，但剧情仍以柯南视角展开。

危命的复活系列

- 黑衣骑士（第206集）：新一被复活后首次回归主线剧情

- 黑衣骑士2（第207集）：新一与兰告白未遂

- 约定的场所（第208集）：新一第二次变回原形

被召集的名侦探（第235-238集）

新一作为名侦探参与国际案件，与怪盗基德展开对决。

NY事件（第279-292集）

新一与黑衣组织展开最终决战，包括“龙舌兰”事件、灰原哀登场等关键情节。

补充说明：

部分资料将“被召集的名侦探”算作独立章节，但多数版本将其包含在235-238集内。- 若以回忆片段计算，新一实际出场次数更多，但主线剧情中明确呈现的集数以上述为准。以上集数综合自《名侦探柯南》主线剧情及权威动画平台数据。