我国的国家机构和资本主义国家的机构存在以下主要区别：

本质区别

资本主义国家的国家机构：主要是为了维护资产阶级的统治和利益。

我国的国家机构：代表最广大人民群众的根本利益，是人民民主专政的工具。

组织活动原则

我国国家机构：实行民主集中制、对人民负责原则、依法治国原则。其中，民主集中制和对人民负责原则是资本主义国家机构所没有的。

立法机关

我国：没有议会性质的立法机关，全国最高立法机关是全国人大常委会及其常务委员会。

资本主义国家：通常有议会作为立法机关，议会拥有相对独立的权力。

权力结构

我国：不实行三权分立制度，虽然各部门之间存在互相监督，但全国人大拥有绝对权力。

资本主义国家：通常实行三权分立，权力相对分散，议会、行政、司法三个部门相互制衡。

国家管理形式

我国：属于代议制，但具有与资本主义国家不同的特点，如人民代表大会制度，强调人民当家作主。

资本主义国家：虽然也实行代议制，但议员多数是有产者，实质上是资产阶级掌权。

阶级基础

我国：国家机构组成人员根据人民意志选举产生，代表人民群众的根本利益和长远利益。

资本主义国家：议会组成人员多数是有产者或资产阶级代理人和辩护士，实质上是少数人的民主。

综上所述，我国的国家机构和资本主义国家的机构在本质、组织活动原则、立法机关、权力结构、国家管理形式和阶级基础上都存在明显的区别。这些区别反映了两种不同社会制度下的国家性质和统治阶级的利益。