《蜘蛛侠：英雄归来》的故事发生在 《美国队长3：内战》之后。具体剧情如下：

内战之后：

故事从《美国队长3：内战》的结尾开始，钢铁侠（小罗伯特·唐尼饰）开车送彼得·帕克（汤姆·赫兰德饰）回家。在电影开始之前，用了少许的篇幅介绍了在内战之前，钢铁侠派嗨皮去接彼得帕克从纽约来到德国参加内战这一路上，小蛛蛛用自己手机一路拍摄的影像日记。

回到家乡：

彼得回到和梅阿姨共同居住的家，并受到新导师托尼·斯塔克的暗中关注。彼得试图回归正常的日常生活，然而却经常被“企图证明自己不仅仅是一位友好邻居蜘蛛侠”的想法扰乱心绪。

新反派出现：

直到影片中的全新反派秃鹰（迈克尔·基顿饰）的出现，对彼得来说重要的一切都开始受到威胁。

英雄与高中生的抉择：

影片主要讲述了彼得·帕克在超级英雄身份与高中生活之间面临的抉择。

导师的暗中关注：

钢铁侠作为蜘蛛侠的导师再次出现，作为引导他踏上英雄之路的关键人物，确保他在未来有资格成为复仇者联盟的一分子。

这些剧情共同构成了《蜘蛛侠：英雄归来》的丰富故事线，展现了彼得·帕克从一个普通的高中生逐渐成长为一名有担当的超级英雄的过程。