EVA系列的新剧场版中， 《新世纪福音战士新剧场版1.11：序》是新的故事的开端，于2007年上映。这个新剧场版可以被视为原TV版的平行世界，讲述了全新的故事内容。

新剧场版的故事与原TV版有所不同，其中包含了大量的细节改动和新的情节元素。例如，《序》的前半部分与TV版的开头大致相同，但后半部分对使徒的出场顺序和形态进行了重新设计，并且战斗场面较少。此外，《破》开始剧情就基本脱离了TV版，并引入了一个驾驶五号机的新角色——真希波。而《Q》则继续讲述了第三次冲击的故事。

新剧场版在画面质量上有了显著提升，尤其是《Q》和《终》两部作品，受到了观众的高度评价。这些新剧场版为EVA的世界观增添了新的层次，并为系列的粉丝提供了全新的观影体验。