侯耀文有两个女儿，分别是侯瓒和侯懿珊（小名妞妞）。

侯瓒

出生：1979年，第一任妻子刘彦所生。

生活：侯瓒4岁时，父母离婚，她被判给母亲刘彦抚养，从此没有与侯耀文共同生活。

责任：作为长姐，侯瓒自觉要承担妹妹的人生责任，但现实并不如意。

侯懿珊（妞妞）

出生：1993年，第二任妻子袁茵所生。

生活：2004年父母离婚，侯懿珊交由袁茵抚养。

葬礼：在侯耀文去世后，侯懿珊因年幼，由侯耀华的家人和徒弟们推选他来主持葬礼并料理后事。

侯耀文的两个女儿在父亲去世后，因为遗产问题曾引发了一些争议。