物流工程本科毕业生考研时，有多种专业方向可以选择，主要包括以下几类：

管理科学与工程

特点：该方向注重运用系统科学、管理科学、数学、经济和行为科学及工程方法，结合信息技术研究解决社会、经济、工程等方面的管理问题。课程与培养包括学习先进的管理思想、方法和技术，能够运用数学和计算机模型进行运营管理、组织管理和技术管理问题的分析、决策和实施。

推荐院校：西安交通大学、清华大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、复旦大学、北京师范大学、山东大学、天津大学、大连理工大学等。

物流工程

特点：物流工程主要研究物流学、运筹学、管理学、交通运输组织学、运输经济学、运输商务管理等方面的基本知识和技能，在物流、交通运输、机械制造等企业单位进行物流系统的规划设计、物流技术设备的研发、物流成本的分析与控制等。

推荐院校：未具体提及，但通常包括物流设施应用、系统规划设计与评价、物流运作管理等课程。

交通运输工程

特点：该方向注重于交通运输系统的规划、建设、运营、管理等方面的学习，与物流管理密切相关。

推荐院校：未具体提及，但通常包括铁路、公路、港口、海洋、航道、机场工程勘查、设计、施工与养护等内容。

工商管理

特点：工商管理是一个较为宽泛的学科领域，涵盖了企业管理、市场营销、人力资源管理等多个方面。

推荐院校：未具体提及，但通常包括企业战略管理、供应链与物流管理、质量管理、标准化管理、管理信息系统等内容。

其他专业方向

港口与区域物流规划与管理

物流与供应链管理

物流系统运作管理

物流信息管理

现代工业工程

物流设备

生产物流系统管理与优化

物流与供应链金融

物流园区规划管理与设计

国际物流管理

建议

选择考研方向时，建议综合考虑个人兴趣、职业规划以及各专业的就业前景和课程设置。例如，如果对物流系统的规划设计与资源优化配置感兴趣，可以选择物流工程方向；如果希望运用管理科学和工程方法解决复杂的管理问题，管理科学与工程专业可能更适合。此外，考虑到物流管理专业与物流工程的紧密联系，很多课程和技能是相通的，因此也可以考虑跨专业考研。