在2006-2007赛季，NBA确实更换过一次比赛用球。

在2006-2007赛季初，NBA开始使用一种由合成材料制成的新式篮球。然而，赛季刚进行一个多月后，NBA决定换回老式的皮革制比赛用球。据报道，NBA官员在2006年12月透露，联盟将在2007年1月1日起停止新球的使用，并换回老式的皮革制用球。

因此，2006-2007赛季NBA确实更换过一次比赛用球，从合成材料制成的新式篮球换回老式的皮革制比赛用球。