EPC跟踪审计与普通项目审计的主要区别体现在以下几个方面：

审计阶段与介入时间

EPC跟踪审计：将整个建设过程合理划分成若干阶段或期间，审计次数比传统的事后竣工决算审计大大增加。审计介入时间也由工程竣工以后提前到工程建设过程之中。

普通项目审计：通常在工程竣工后进行，主要体现为报送审计，根据提交的工程结算书等资料进行审核。

审计方式

EPC跟踪审计：主要体现为就地审计，需要审计人员在现场对组成工程项目的各单位工程根据实施的先后分别进行审计。

普通项目审计：根据提交的工程结算书等资料进行审核，对有疑问的采取建设现场观察、测试。

审计内容

EPC跟踪审计：除了对工程成本进行核算外，还包括对工程进度、质量、风险等方面的监督和管理，有助于甲方对项目施工者的成本更好的了解，也有助于甲方对施工各阶段的成本的情况，以方便更好的调控施工方案。

普通项目审计：主要关注工程结算的准确性和合规性，重点在于审核工程量和单价，确保项目成本控制在预算范围内。

目的与效果

EPC跟踪审计：通过提前介入和全过程跟踪，能够及时发现和纠正问题，优化项目管理，提高工程质量和效率，有效控制成本。

普通项目审计：主要目的是对已完成工程进行总结和评价，确保项目符合相关法规和标准，防止和发现违规行为。

综上所述，EPC跟踪审计与普通项目审计在审计阶段、介入时间、审计方式、审计内容以及目的与效果等方面存在显著差异。EPC跟踪审计更加注重全过程的动态管理和监督，而普通项目审计则侧重于事后总结和评价。建议在实际项目中根据具体情况选择合适的审计方式，以实现最佳的项目管理效果。