陈孝正和郑微在电影《致我们终将逝去的青春》中最终没有在一起，主要原因可以归结为以下几点：

陈孝正的自卑和选择

陈孝正由于家庭条件贫寒和自卑感，选择了出国发展，放弃了与郑微在一起的机会。他认为自己给不了郑微美好的未来，尽管郑微愿意和他一起吃苦。这种自卑和敏感让他觉得郑微的存在更加刺激了他的内心，最终选择离开郑微。

陈孝正的成功与牺牲

陈孝正为了事业上的成功，选择了牺牲与郑微的感情。他坦言自己的成功是用做人的失败换回来的，这意味着他在追求梦想的过程中，不得不放弃一些东西，包括爱情。

郑微的成长与选择

随着时间的推移，郑微逐渐成长为一个职场丽人，她在陈孝正和林静之间做出了选择。虽然她心里爱的人是陈孝正，但最终她选择了林静。这可能是因为她在陈孝正身上看到了自己的影子，不想重蹈覆辙。

命运的安排

电影中，命运似乎在捉弄人。郑微在经历了与陈孝正的分手后，遇到了林静，并在最终与他结婚。而陈孝正在回国后，虽然开始重新追求郑微，但一切都已经无法挽回。

综上所述，陈孝正和郑微没有在一起的原因是多方面的，包括陈孝正的自卑和选择、事业的追求、郑微的成长与选择以及命运的安排。尽管他们曾经相爱，但最终还是没能走到一起。