港珠澳大桥的建造过程中面临了多种限制和挑战，主要包括以下几个方面：

高度限制

大屿山机场在航道处限高为120米，而要满足30万吨游轮的通航能力，桥梁的桥面高度需要超过80米，桥塔高度需达到200米。这导致难以采用桥梁方案跨越伶仃西航道和铜鼓航道，因此只能选择修建海底隧道。

水阻率问题

伶仃洋是弱洋流海域，每年有大量泥沙从珠江口流入，如果人工岛长度和宽度过大，会阻挡泥沙流入大海，导致水阻率超过10%，泥沙沉积形成冲积平原。这对桥梁基础施工和周围环境产生不利影响。

地质条件复杂

珠江口海域地质条件复杂多变，存在沉积物较厚、软弱的海底沉积物、泥质地层和地下水渗透等问题，这些复杂的地质条件给桥梁的基础施工和建设带来很大困难。

自然灾害威胁

港珠澳大桥跨越的海域宽广，地震和风暴等自然灾害对施工安全构成较大威胁。需要采取严格的安全预防措施和先进的监测设备，以确保施工人员和设备的安全。

设备运输和调试

施工需要大量设备，这些设备在使用前需要经过大量调整和测试，且运输到相对较远的海域海路条件复杂，存在一定的安全风险。

环境和社会因素

大桥建设可能对海洋生态环境产生影响，特别是对中华白海豚等濒危海洋哺乳动物构成威胁。此外，大桥两端进入香港和珠海都市，可能对城市产生空气或噪音污染。

技术难题

海底隧道建设面临世界性难题，包括海底隧道最长、隧道埋深最深、单个沉管体量最大等问题。需要独立研发创新技术及装备，并解决水压、水质保护和海洋生态影响等挑战。

法律和政策差异

粤港澳三地在各自法律法规、技术标准、工程管理、市场环境、责任体系、机制效率等方面存在较大差异，这给大桥的建设和协调工作带来一定难度。

综上所述，港珠澳大桥的建造过程中面临了高度限制、水阻率问题、地质条件复杂、自然灾害威胁、设备运输和调试、环境和社会因素、技术难题以及法律和政策差异等多方面的限制和挑战。通过采取一系列措施，如修建海底隧道、采用三维数学模型、严格的工作标准、建立完善的设备测试和质量管理体系等，这些挑战最终得到了有效应对和解决。