在《高达Seed Destiny》的大结局中， 基拉和拉克丝最终确实在一起了。以下是详细情况：

战争结束与拉克丝成为议长

战争结束后，议长死亡，拉克丝受邀回到PLANT并当选为新的议长。

基拉的身份变化

基拉在战争结束后成为了白衣指挥官，类似于伊扎克的位置。

两人关系的结局

在剧情的最后，基拉和拉克丝一起出现在奥布的墓碑前，拉克丝的头靠在基拉的肩膀上，显示出他们之间的亲密关系。

最终画面中，基拉和拉克丝一起离开，暗示他们将继续共同面对未来的挑战。

因此，可以确定在《高达Seed Destiny》的大结局中，基拉和拉克丝最终是在一起的。