拼多多电商平台店铺货源保证金合作协议 是可以取消的，但具体操作需要遵循拼多多平台的相关规定和流程。以下是相关信息：

解除合作关系 ：如果商家未缴纳店铺保证金，拼多多有权解除与商家的合作关系，并将其店铺从平台上移除。

退还保证金：

商家在申请退出拼多多平台后，保证金是可以退还的，但必须满足一定的条件，如完成所有售后问题、下架所有商品、提交退店申请等。

退店流程

商家需要核对店铺信息是否完整准确，并确保与平台记录一致。

商家需要申请关闭在拼多多运营的店铺，并下架所有售卖商品。

商家需要提交退店申请，并同意相关协议。

退店申请审核通过后，商家需要开启退店公示，并等待30天才能进一步审核处理，后续在30个工作日内退回店铺的保证金。

综上所述，商家如果希望取消拼多多电商平台店铺货源保证金合作协议，可以通过申请退店并满足相关条件来实现保证金的退还。建议商家在申请退店前，仔细阅读平台的入驻协议和相关条款，确保符合退店条件，并按照规定的流程操作。