在电视剧《蜗居》的最后一集中，海藻三个月不说话的原因是多方面的，主要包括以下几点：

自责和伤心：

海藻在剧情中经历了许多痛苦和挫折，包括失去了自己的孩子和被摘除了子宫。她对自己的选择感到自责和伤心，无法面对这些打击。

后悔：

海藻在利欲面前走错了路，没能经住诱惑，导致了一系列悲剧的发生。她后悔自己当初的决定，但悔之晚矣。

精神空虚：

海藻在经历了一系列打击后，感到一种精神的空虚和自我无语。她选择暂时封闭自己，不想面对现实。

思念小贝：

海藻真正爱的人是小贝，她和小贝在一起的日子是她最开心的时光。在三个月的沉默之后，她在一次雨中发现自己的内心依然深深地思念着小贝。

当海藻一出门看到雨，她首先想到的是小贝，这是因为雨是她和小贝第一次相遇时的场景，也是她最美好回忆的一部分。这场雨唤起了她内心深处的思念和情感，让她无法抑制自己的情绪。

综上所述，海藻在《蜗居》最后一集中三个月不说话，是因为她内心深处的自责、伤心、后悔和精神空虚。而当她看到雨时，思念小贝的情感涌上心头，这是她无法面对的现实和回忆的体现。