是的，本科论文通常会被纳入查重库。在查重过程中，检测系统会将论文与一个庞大的数据库进行比对，这个数据库包含多个来源，其中包括本科论文库。这样做的目的是为了检测与已有的本科毕业论文是否存在重复内容，因为本科阶段的研究成果是查重的一个重要参照。

具体来说，本科生论文在每一年交完后，都需要进入大学的查重库内进行存储，并且通常会在查重库里保留一定时间，通常为3-5年。这样做是为了防止学生大学毕业后又重新提交这些论文，从而产生重复抄袭和剽窃的现象。在这段时间里，如果学生需要找回自己的论文或是求职时需要使用论文，也可以查看到曾经交过的论文的比对结果。

此外，虽然有些高校可能不会将所有本科论文都纳入查重库，但大多数高校都会将被评为优秀论文的论文进行查重，并将结果收录到数据库中。这样做的目的是为了确保学术诚信，防止抄袭现象的发生。

因此，如果你的论文被学校或教育部门选中进行查重，那么它通常会被纳入查重库。建议你认真对待查重过程，确保论文的原创性，以提高论文的质量和含金量。