提升国家创新体系整体效能，必须从以下几个方面入手：

实现高水平科技自立自强：

这是提升国家创新体系整体效能的首要任务。在世界百年未有之大变局下，国家创新体系建设需要解决全球科技竞争带来的威胁和挑战，实现关键核心技术自主供给。

发挥社会主义市场经济条件下新型举国体制优势：

通过集中力量办大事，聚焦“四个面向”（面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康），协同国家战略科技力量，在基础研究、“卡脖子”技术和关键核心技术等方面实现优先突破。

建立强大的市场机制效能：

企业是市场竞争和科技创新的主体，提升国家创新体系整体效能必须建立在对市场机制的强大赋能上，涌现出一批具有全球竞争力、掌握关键核心技术的产业和企业。

深入实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略：

统筹推进教育、科技、人才体制机制一体改革，健全新型举国体制，提升国家创新体系整体效能。

构建体系化全局性科技发展新格局：

坚持系统观念，坚持科技创新和制度创新“双轮驱动”，形成国家科技创新体系化能力，构建新时代科技发展新格局。围绕国家急迫需要和长远需求，加快实施一批具有战略性全局性前瞻性的国家重大科技项目，增强自主创新能力。

强化国家战略科技力量建设：

在涉及国家安全和产业发展的战略领域，加快建设一批新的国家实验室，提升我国战略安全领域自主创新能力。推动建设世界一流的科研院所、高水平研究型大学、创新型领军企业，超前布局前瞻性基础研究和前沿引领技术研究开发任务。

促进各类创新主体加强合作：

创新活动要站在经济社会发展全局的高度，加强科技创新的宏观部署，形成支持全面创新的基础制度，消除创新壁垒，促进创新政策与教育政策、人才政策、产业政策、贸易政策、金融政策的紧密结合。

夯实科技创新的人才根基：

人才是创新的第一资源，汇聚一流创新人才，才能凝聚一流科技成果。

通过以上措施，可以有效提升国家创新体系的整体效能，推动实现高水平科技自立自强，建设科技强国，推进高质量发展。